LncRNA过表达与抑制

 

LncRNA 简介

 

      长链非编码RNALong non-coding RNA, lncRNA)是一类长度超过200nt的长链非编码RNA分子,是RNA聚合酶II转录的副产物,它可在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达。据统计,哺乳动物蛋白编码基因占总RNA1%,长链非编码RNA占总RNA的比例可达4%-9%,这些长链非编码RNA是基因功能研究的又一座宝库。

      目前发现的许多lncRNA都具有保守的级结构,一定的剪切形式以及亚细胞定位。它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置,可以分为5种:、正义链(sense)、反义链(antisense)、双向(bidirectional)、内含子间(intronic)、基因间(intergenic),其所在的位置与其功能有一定的相关性。

 

 

LncRNA的作用机制

 

LncRNA的作用机制比较复杂,可能通过多种机制发挥作用,目前发现的lncRNA的作用机制包括:

1)  在蛋白编码基因上游启动子区发生转录,干扰下游基因的转录表达;

2)  抑制RNA聚合酶II活性、介导染色质重构或组蛋白修饰等,影响相关基因表达;

3)  与蛋白编码基因的mRNA结合,干扰mRNA的剪切成熟过程;

4)  与蛋白编码基因的mR N A结合,在D i c e r酶作用下产生内源性的siRNA,从而调控相关基因的表达;

5)  lncRNA还可结合到特定蛋白质上调节相应蛋白的活性;

6)  通过结合到特定蛋白上,改变该蛋白的胞质定位。

总体说来,lncRNA通过表观遗传学调控、转录调控、转录后调控、蛋白活性调控等多种方式调控相关基因的作用。

 

LncRNA的研究方法

 

1)  生物信息学分析;

2)  表达检测:特异性qRT-PCR表达检测;

3)  功能研究:特异性针对lncRNA的RNA干扰;外源过表达分析;表达谱芯片分析lncRNA功能。

 

 

研究LncRNA相关需要注意一下问题:

 

1、 lncRNA大部分都是定位于细胞核内,具有高度二级结构的RNA,与DNA、蛋白相互结合形成复合体,阻止了siRNA与lncRNA的结合效率。

2、 lncRNA在很多细胞类型或者模型中表达丰度很低,所以在进行RNAi干扰之前建议进行基因的基础表达水平的检测,做到干扰前后心中有数。

3、 lncRNA很多表达丰度很低,由于lncRNA目前检检测方法在RNA本身,所以一定确保PCR反应体系稳定性,重复性和可信度,筛选时候用SYBR染料法,在条件允许情况下使用taqman探针法进行检测。

4、 并非所有lncRNA是可以得到好的干扰效果的。如果当你在阳性对照得到了80-90%抑制效率,lncRNA设计了5-8条序列都没有好的干扰效率,那么lncRNA很难被干扰,可能与RNA结构和相关作用蛋白以及作用通路的机理有关,建议使用其他的方式进行抑制。

5、 RNA反转录试剂尽量使用随机引物或者特异性进行逆转录,很多lncRNA没有polyA。

6、 细胞核中的lncRNA,最好用ASO(反义核酸)进行Knock down。

7、 一般推荐设计3-5条siRNA,选择1-2条最高效的序列进行后续试验。

 

 

汉恒服务项目

 

        汉恒生物科技(上海)有限公司提供LncRNA过表达和载体质粒构建、过表达和干扰腺病毒及慢病毒包装以及基于慢病毒技术的稳定细胞系构建服务。详情可查询:400-092-0065

 

提供产品

 

1、构建的过表达和干扰相关质粒;

2、腺病毒和慢病毒产品;

 



  


 3、或者由慢病毒建立的各种细胞的稳定细胞系。 

 

 

 
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